Vědecká rada fakulty je samosprávným akademickým orgánem s působností zejména v oblasti vědecké, výzkumné a další tvůrčí činnosti fakulty. Předsedkyní vědecké rady fakulty je děkanka; členy jmenuje děkanka se souhlasem akademického senátu fakulty; nejméně jedna třetina členů musí být mimo akademickou obec univerzity.Vědecká rada fakulty se vyjadřuje zejména k záležitostem, které jí předloží děkanka. Svoji činnost vykonává VR FHS UK v souladu se zákonem o vysokých školách a v souladu s vnitřními předpisy Univerzity Karlovy a vnitřními předpisy Fakulty humanitních studií Univerzity Karlovy.