Fakulta humanitních studií vznikla 1. srpna 2000 z Institutu základů vzdělanosti Univerzity Karlovy založeného roku 1990.

V souladu se záměrem, s nímž byla v roce 2000 založena, sleduje Fakulta humanitních studií Univerzity Karlovy v Praze i nadále především následující dílčí cíle: poskytovat vysokoškolské vzdělání v humanitních oborech, vědecky pracovat v širokém rozsahu věd o člověku a lidské společnosti a dále rozvíjet systém studia s individuálním kurikulem.

Fakulta nabízí dělené studium v  bakalářském, magisterském a doktorském stupni, programy  celoživotního vzdělávání a podporuje mezinárodní výměny studentů.

Její  vědecká činnost je soustředěna do oblasti humanitních a společenských věd, zejména s ohledem na jejich antropologické a obecně humanistické dimenze. Hlavní a nosnou vědeckou disciplínou je obecná antropologie. Vzdělávací činnost sleduje na jedné straně programy vědeckého poznání člověka, na druhé straně různé aplikace tohoto poznání. Jak v oblasti vědeckého bádání, tak i ve výuce a vedení závěrečných prací, klademe velký důraz na rozvoj spolupráce s dalšími vědeckými institucemi v České republice i v zahraničí.